Dopo aver frequentato la scuola materna parrocchiale e la scuola elementare a Calerno, nell’ottobre del 1968 è entrato nel Seminario vescovile di Reggio Emilia, frequentando la scuola media statale “Amedeo d’Aosta” e poi il Liceo classico “L. Ariosto”.

Sostenuto l’esame di maturità, nell’ottobre 1976 è stato inviato a Roma per iniziare gli studi teologici. Come allievo del Collegio Capranica (dal 1976 al 1985) ha seguito gli studi di Filosofia e di Teologia all’Università Pontificia Gregoriana (1976-1981) e poi gli studi di patristica all’Istituto Patristico Augustinianum (1981-1985) conseguendo dapprima la Licenza (1983) e successivamente il Diploma (1984) in Teologia e scienze patristiche.

Durante gli anni della permanenza a Roma ha prestato servizio pastorale presso la parrocchia di San Gregorio Magno alla Magliana, quartiere periferico di Roma. Nei primi cinque anni nella città capitolina ha studiato organo, sotto la guida di p. Alberto Cerroni ofm, presso il Pontificio Istituto di Musica sacra.

Per l’imposizione delle mani del vescovo Gilberto Baroni, don Daniele è stato ordinato diacono il 12 settembre 1981 (a Canolo) e poi presbitero il 19 giugno 1982 a Calerno. Nel 1988 è stato nominato canonico della Cattedrale di Reggio Emilia.

Nell’ottobre del 1985 ha iniziato l’insegnamento presso lo Studio Teologico Interdiocesano di Reggio Emilia, di cui è stato anche segretario e direttore.

Nel corso degli anni ha coperto diversi incarichi di servizio diocesano: assistente scout (assistente diocesano dal 1987 al 1989, assistente del gruppo Reggio Emilia 2 dal 1982 al 2005, di nuovo assistente diocesano dall’ottobre 2010 al 2017), segretario del Consiglio Presbiterale dal 1990 al 1998, Vicario episcopale per la pastorale dal 2000 al 2005, direttore dell’Ufficio liturgico diocesano dal 1995 al 2000 mantenendo l’incarico di referente diocesano per la musica sacra fino al 2017, responsabile per la Formazione permanente dei preti giovani dal 2001 al 2006. Per oltre vent’anni è stato responsabile della Biblioteca del Seminario di Reggio Emilia.

Dal 1996 al 2005 ha coordinato, in collaborazione con la Caritas diocesana e il Centro Missionario, il Progetto Amahoro in Rwanda. Negli stessi anni ha collaborato con l’organismo Reggio Terzo Mondo per la formazione dei volontari inseriti nei progetti di cooperazione internazionale.

Oltre a continuare l’insegnamento a Reggio nello Studio Teologico Interdiocesano e nell’Istituto Superiore di Scienze Religiose, nonché all’Istituto Diocesano di Musica e Liturgia, nel 2004 ha incominciato a insegnare presso la Facoltà Teologica dell’Emilia Romagna a Bologna, dove nel 2010 ha conseguito anche il Dottorato in Teologia, e di cui è diventato docente stabile dal marzo 2011. Dal gennaio 2014 al gennaio 2017 è stato anche vicepreside della Facoltà.

Mons. Gianotti ha fatto parte del comitato di redazione della Rivista di teologia dell’evangelizzazione (pubblicata dalla Facoltà Teologica dell’Emilia Romagna) e della rivista Parola Spirito e Vita (quaderni semestrali di lettura biblica delle edizioni Dehoniane), ed è stato membro del comitato scientifico della rivista Ad gentes (semestrale di Teologia e Antropologia della Missione diretta da p. Mario Menin e pubblicato dall’EMI).

Il Vescovo Mons. Massimo Camisasca, nel 2013, l’ha nominato delegato vescovile per il Consiglio Presbiterale e il Consiglio Pastorale Diocesano.

Nel 2010 ha iniziato la sua collaborazione nell’Unità Pastorale di Bagnolo in Piano, Pieve Rossa, San Michele e San Tommaso, nel comune di Bagnolo in Piano (RE). Nel giugno del 2015 è stato nominato parroco della stessa Unità Pastorale; ha iniziato ufficialmente il ministero di parroco il 18 settembre 2015.

L’annuncio della nomina a Vescovo di Crema è avvenuto, in contemporanea a Crema e a Reggio Emilia l’11 gennaio 2017. L’ordinazione episcopale è avvenuta il 19 marzo 2017 nella cattedrale di Reggio Emilia per l’imposizione delle mani di S. Ecc. Mons. Massimo Camisasca (Vescovo di Reggio Emilia – Guastalla), S. Ecc. Mons. Luciano Monari (Vescovo di Brescia) e di S. Ecc. Mons. Oscar Cantoni (Vescovo di Como, già vescovo di Crema dal 2005 al 2016).

L’ingresso nella diocesi e nella cattedrale di Crema, con la presa di possesso canonica, è avvenuta domenica 2 aprile 2017.

Il 26 settembre 2019 il Consiglio Episcopale Permanente della Conferenza Episcopale italiana l’ha nominato Presidente del Comitato per gli studi superiori di teologia e di scienze religiose della CEI. È stato riconfermato nell’incarico per il quinquennio 2023-2028 (Consiglio Episcopale Permanente del marzo 2023).

Il 26 maggio 2026 è stato eletto Presidente della Commissione Episcopale della CEI per l’educazione cattolica, la scuola e l’università per il quinquennio 2026-2031; della stessa Commissione episcopale era stato membro già nel quinquennio 2021-2026.

Nell’ambito della Conferenza Episcopale Lombarda, al vescovo Daniele è stata affidata la delega per la catechesi e per la Caritas; nel contesto di quest’ultima, segue anche la pastorale nelle carceri.

È membro della Commissione Episcopale per l’Alta direzione dell’Almo Collegio Capranica.