Venerdì mattina, lasciata la nunziatura apostolica, il Papa si è trasferito in auto all’aeroporto militare Catam di Bogotá. Al suo arrivo ha salutato e benedetto un gruppo di circa 400 reduci, militari e agenti di polizia, accompagnati dall’Ordinario militare della Colombia, monsignor Fabio Suescún Mutis, quindi è salito a bordo di un A321 dell’Avianca alla volta di Villavicencio, alle porte dell’Amazzonia.,meta della terza giornata del suo viaggio in Colombia. 
Al suo arrivo alla Base Aerea “Luis Gómez Niño-Apiay” di Villavicencio Francesco è stato accolto dall’arcivescovo della città e presidente della Conferenza episcopale della Colombia, monsignor Óscar Urbina Ortega. Alla presenza, inoltre, del governatore e del sindaco, che ha consegnato al Papa le chiavi della città, dei comandanti dell’Esercito, della Polizia e della Base Aerea Apiay. A fare da sfondo all’accoglienza del Papa, canti e danze del folklore del Paese con alcune centinaia di fedeli e famiglie residenti nella Base. 
Poi Francesco si è diretto in auto alla volta del Terreno di Catama, luogo della Messa: dopo aver girato in papamobile tra i fedeli, il Papa si è recato in sagrestia accompagnato da un gruppo di abitanti della regione degli Llanos Orientali. Alle 9.30 locali (circa le 16.30 italiane), è iniziata la Messa nel corso della quale Francesco ha beatificato i Servi di Dio Jesús Emilio Jaramillo Monsalve, vescovo di Arauca, e Pedro María Ramírez Ramos, sacerdote diocesano, entrambi vittime della guerriglia che, per oltre 50 anni, ha insanguinato la Colombia. 
Erano presenti numerosi fedeli provenienti dalle regioni degli Llanos e dai villaggi indigeni, oltre a vittime della violenza. 
C’era anche il “Cristo mutilato” di Bojayá ad attendere papa Francesco, a Villavicencio. Il “Cristo mutilato” è quello che resta di una statua che era presente nella chiesa di Bojayá, villaggio dello stato pacifico del Chocó. “Qui 15 anni fa, nel 2002 – spiega al Sir il direttore del segretariato Caritas-Pastorale sociale della Chiesa colombiana, mons. Héctor Fabio Henao Gaviria – scoppiò una bomba lanciata dalle Farc. La chiesa era piena, morirono in tutto 72 persone, i superstiti fuggirono nella foresta. È un massacro rimasto nella storia della Colombia, uno dei punti più feroci cui giunse il contrasto tra guerriglia, paramilitari ed esercito”. La statua del Cristo mutilato è un simbolo di conflitto colombiano ed è giunta in peregrinatio fino ad un’altra città emblema del conflitto, Villavicencio appunto. 
Giovedì mons. Henao ha presieduto la celebrazione che ha accolto in chiesa la statua. E della giornata di venenrdì ha detto: “È una giornata di riconciliazione, un giorno storico, ci dà tanta speranza. Saremo impegnati a ricostruire il tessuto sociale, una nuova convivenza”. Per il direttore della pastorale sociale colombiana la giornata “è stata un inizio molto importante per tutto il Paese. L’accordo di pace è irreversibile, ma ora bisogna dare speranza ai colombiani, come sta facendo il Papa. E la presenza numerosissima della gente alla messa di ieri è stata una grande dimostrazione di affetto”. 
È stato la riconciliazione il tema delle parole del Papa. La riconciliazione non è una “parola astratta”, fatta di “sterilità” e “distanza”, ma una porta aperta “a tutte e ciascuna delle persone” che hanno vissuto la “drammatica realtà” degli oltre 50 anni di conflitto. 
Nel percorso di ricostruzione della pace, ha evidenziato il Papa accolto ancora una volta da un bagno di folla – 400 mila persone – al terreno Catama, quando le vittime “vincono la comprensibile tentazione della vendetta”, diventano protagonisti “più credibili” dei processi di riconciliazione. È necessario, ha sottolineato, che “alcuni abbiano il coraggio di fare il primo passo”, senza aspettare che lo facciano gli altri. “Basta una persona buona perché ci sia speranza”: e ognuno di noi – ha assicurato – “può essere questa persona”. Ciò non significa disconoscere o dissimulare le differenze e i conflitti, né, ha spiegato il Pontefice, “legittimare le ingiustizie personali o strutturali” o, ancora, adattarsi a “situazioni di ingiustizia”. È, sulla scia di San Giovanni Paolo II, “una convivenza fondata sul rispetto di ogni individuo e dei valori propri di ogni società civile”. La riconciliazione, pertanto, “si concretizza e si consolida” con il contributo di tutti: ogni sforzo di pace senza un impegno sincero di riconciliazione sarà, rimarca Francesco, “sempre un fallimento”.
In un “ambiente meraviglioso” come quello di Villavicencio, “tocca a noi dire sì alla riconciliazione”, anche alla “nostra natura”. Su di essa, ha notato il Papa, “abbiamo scatenato le nostre passioni possessive, la nostra ansia di dominio”, tanto che la violenza che c’è nel cuore umano, “ferito dal peccato”, si manifesta anche nella malattia del suolo, dell’acqua, dell’aria e degli esseri viventi. Come Maria, la cui festività della nascita “proietta sui di noi la sua luce”, tocca a noi dire “sì” e cantare le “meraviglie del Signore”. 
Nell’odierno Vangelo di Matteo, ha spiegato il Papa, si narra la genealogia di Gesù che ci dice come si sia “piccola parte di una grande storia”, aiutandoci a “non pretendere protagonismi eccessivi”, “a sfuggire alla tentazione di spiritualismi evasivi”, “a non astrarci dalle coordinate storiche concrete che ci tocca vivere”. Il Papa è tornato così a riflettere sulla figura femminile. La menzione delle donne – nessuna delle quali fa parte “della gerarchia delle grandi donne dell’Antico Testamento” – spiega come siano esse a “ricordare storie di emarginazione e sottomissione”. E ha notato come in comunità dove “tuttora trasciniamo atteggiamenti patriarcali e maschilisti”, è “bene annunciare che il Vangelo comincia evidenziando donne che hanno tracciato una tendenza e hanno fatto storia”.
Esposte le reliquie e concluso il rito di Beatificazione, com’è tradizione, le due immagini del vescovo di Arauca e del martire di Armero vengono svelate ai fedeli. Francesco ha ricordato che Gesù è con noi “tutti i giorni fino alla fine dei tempi”. Tale promessa si realizza anche in Colombia attraverso questi due martiri che sono “espressione di un popolo che vuole uscire dal pantano della violenza e del rancore”.
È un popolo che può “raccontare esperienze di esilio e di desolazione”, con donne andate avanti “da sole” e “in silenzio” e uomini “per bene” che hanno cercato di “mettere da parte astio e rancore volendo coniugare giustizia e bontà”. La via per far sì che “entri la luce” sulle strade di riconciliazione, ha affermato il Papa, è proprio dire “sì” alla verità, alla bontà, alla storia completa, “non a una parte”, mettere da parte passioni e orgoglio, farci carico di questa storia, riempiendo della luce del Vangelo “le nostre storie di peccato, violenza e scontro”.
A conclusione della Messa, monsignor Urbina ha salutato il Santo Padre che a sua volta in sagrestia ha salutato una piccola delegazione di vittime della disastrosa alluvione che ha colpito la città di Mocoa, offrendo al loro vescovo un contributo economico. 
Nel pomeriggio (ore 16.40 colombiane, le 22.40 in Italia), uno dei momenti salienti del 20° viaggio internazionale di Francesco: il grande incontro di preghiera per la riconciliazione nazionale, nel Parque Las Malocas.